L'année scolaire qui commence est l'occasion d'une nouvelle patrouille à la recherche de mystères ! À l'occasion du rendez-vous habituel devant la gare, Kyon, qui pour une fois est en avance, se retrouve nez-à-nez avec non pas Haruhi mais son ancienne camarade du collège, Sasaki. Il constate avec surprise que celle-ci est accompagnée de l'organisatrice de l'enlèvement de Mikuru et d'une étrange jeune fille aux cheveux très longs...