Miguel O'Hara, der Spider-Man des Jahres 2099, ist in der Gegenwart gestrandet und arbeitet für Parker Industries. Eigentlich möchte Miguel nicht mehr als Spidey kämpfen, doch in Folge eines Schicksalsschlags stellt er sich mit einem neuen Kostüm dem Roboter-Experten Dr. Cronus und dem Geheimnis der Captain America eines alternativen Jahres 2099.