Während zwischen Rubin und Saphir ein heftiger Streit entbrennt, nimmt die Lage in der Hoenn- Region immer bedrohlichere Ausmaße an: Mittlerweile haben sich nämlich Team Magma und Team Aqua verbündet, um die beid en urzeitlichen Pokémonwiederzuerwecken! Ob es den beiden Streithähnen gelingt, ihre Differenzen beizulegen und die Schurken aufzuhalten...?!