Das Kampfgeschehen verlagert sich von den Sevii Eilande nach Vertania City: Dank der telepathischen Kräfte von Deoxys konnte Giovanni seinen verschollenen Sohn in Vertania City ausfindig machen. Er eilt mit seinem Leuten dorthin, doch Rot und Mewtu lassen sich nicht abschütteln - auf dem Luftschiff von Team Rocket kommt es zur Neuauflage des Duells zwischen unserem Helden und dem Boss von Team Rocket!